Obie wersje wydają mi się poprawne. Za pierwszą przemawia łączliwość składniowa czasownika oznaczać, por.: „Co to dla ciebie oznacza?”, „Co dla ciebie oznaczają wyniki kontroli?”, „Co oznaczają wyniki kontroli dla zakładu produkcyjnego?” – „Dla zakładu oznaczają one być albo nie być”.
Za drugą wersją, bezprzyimkową, przemawia to, że wyrażenia być albo nie być używamy tu w funkcji rzeczownika, a rzeczowniki z reguły dopuszczają dopisanie do nich zależnego rzeczownika w dopełniaczu. Być albo nie być zakładu można tłumaczyć sobie jako 'przyszłość zakładu', 'losy zakładu' lub podobnie, w zależności od kontekstu.