Chodzi tu o polski odpowiednik nazwy oznaczającej siły specjalne marynarki amerykańskiej. Pełna nazwa to United States Navy Sea, Air and Land, skrócona zaś Navy SEALs, przy czym wyraz pisany wersalikami to skrótowiec identyczny z angielskim rzeczownikiem seal ‘foka’, stąd pewnie oboczna pisownia angielska Navy Seals.
Wątpię w związku z tym, żeby miało sens uznawanie podanej w pytaniu nazwy za własną, chodzi chyba o to, że Komando FOKI to polski tytuł filmu Navy Seals. Poza nim wyraz komando należy w tym kontekście pisać małą literą.
Za właściwą nazwę indywidualną, pisaną literą wielką, trzeba by uznać drugi składnik tego wyrażenia, jednak zapis FOKI nie ma większego sensu, skoro na gruncie polskim nie jest to skrótowiec.
Wniosek: najlepiej pisać komando Foki.