W Słowniku skrótów i skrótowców J. Podrackiego na stronie 21 można znaleźć przykład analogiczny: słowo żeński skrócone jako żeń. Przez analogię więc końca, końcowi, końcem, końcu należałoby skrócić jako koń. Oczywiście samo koniec skracamy kon. (nie koń.), podobnie jak tysiąc skracamy tys.
Zgadzam się z Panem, że skrót koń. wygląda mało estetycznie, ale jest to kwestią obycia z nim. Gdyby był częściej używany, na pewno by nie raził.