Jeśli słowniki podają obie formy, nie można ich uznawać za błędne i za ich używanie karcić uczniów. Rozumiem, że nauczyciel może podejrzewać, że uczniowie piszą łepka, łepkiem pod wpływem wymowy, a nie świadomości występowania wariantów (tym samym wykazują nieznajomość morfologicznej zasady pisowni). Cóż jednak począć, skoro forma łepek uformowała się właśnie pod wpływem fonetycznym.
Myślę, że należy przede wszystkim wyjaśnić przyczyny występowania takich form, a następnie pokazać różnice w ich użyciu. Nie są to przecież warianty równorzędne, łepek to forma o wiele rzadsza, w niektórych słownikach, np. w Wielkim słowniku poprawnej polszczyzny PWN, charakteryzowana jako potoczna. W niektórych znaczeniach bardzo wyraźnie przeważa forma łebek, przede wszystkim wtedy, gdy jest to określenie człowieka, a także we frazeologizmach robić coś po łebkach, jechać na łebka.
Po takich wyjaśnieniach można uczniom zaproponować dokonanie wyboru spośród wariantów, obstawiam w ciemno, że opowiedzą się za łebkiem. Wówczas można się umówić, że wszyscy będą ten wyraz zapisywać w identyczny sposób.