Zasady, na których opierają się słowniki ortograficzne i encyklopedie, nie mogą być porównywane, słownik ma podawać informacje językowe (o użyciu wyrazów, np. ich pisowni i odmianie), encyklopedia opisuje rzeczy nazywane za pomocą tych wyrazów (w tym wypadku miasta i państwa).
Wątpię, żeby można było mówić o przeoczeniu wspomnianych wyrazów, jest to raczej wybór, ale o szczegóły trzeba pytać autorów słownika. Pewnie powinniśmy domagać się uściśleń w definiowaniu nazw, jednak zapis Samarytanin (Samarytanka) można uznać za zwyczajowy, oparty na zapisach polskich przekładów Biblii.
Warto też zauważyć, że choć współcześnie bez problemu odróżniamy państwa i miasta, nie jest to łatwe w odniesieniu do starożytności. W takich kontekstach posługujemy się często pojęciem „miasto-państwo”. O Troi zaś zwykle myślimy jako o państwie za sprawą długiej tradycji zapoczątkowanej przez Jana Kochanowskiego.