W odmianie nazwisk na -er rzadko dochodzi do wymiany e na segment zerowy, nieliczne ogólnie znane przykłady to Luter i Szuster (por. Lutra, Szustra). Dużo częściej e zachowuje się we wszystkich formach odmiany, np. Weber – Webera, Kromer – Kromera. Słowniki poprawnej polszczyzny nie dają tu jednoznacznych wskazówek, por. informację w haśle problemowym Nazwiska w Nowym słowniku poprawnej polszczyzny PWN: „O sposobie odmiany decydują różne czynniki, przede wszystkim: stopień utrwalenia nazwiska w języku polskim, zwyczaj językowy”.
W wypadku nazwisk wymienionych w pytaniu istotny jest jeszcze jeden czynnik: chęć lub niechęć nosiciela nazwiska do identyfikowania go z równobrzmiącą nazwą pospolitą. Zecer nie budzi wątpliwości – nie będziemy odmieniać Zecra, skoro rzeczownik pospolity ma formę zecera – ale Bobera czy Bobra, Kupera czy Kupra, to kwestie, w których, jak sądzę, decydujący głos powinna mieć osoba nosząca takie nazwisko.