Ponieważ pytanie nie zawiera żadnych konkretnych przykładów, to i odpowiedź będzie bardzo ogólna – moim zdaniem zależy to od programu. Obowiązujące przepisy ortograficzne nie zajmują się wprost – chyba na szczęście – nazwami programów, choć ustosunkowują się do pisowni nazw języków programowania. Niestety, odróżnienie języków programowania od samych programów sprawia niektórym polonistom poważne trudności (pewien wysokonakładowy słownik twierdzi, że językiem programowania jest Norton Commander), co skłania do traktowania ich rekomendacji z dystansem.

Nazwy programów czy innych elementów komputerowych często mają charakter literowych emblematów celowo przyciągających uwagę swoim wyglądem, np. dBase czy najbardziej dziwaczny ze znanych mi przykładów DivX;-)'. Tak więc najlepiej stosować się do prostej reguły pisania nazw programów tak samo, jak robi to ich autor lub autorzy.