Nie popełni Pan błędu, używając małej litery. Wielką literą można by pisać Procedura nr P-4.3, jeśli taka jest jej oficjalna nazwa, tzn. jeśli dokument o takiej nazwie został zatwierdzony przez upoważniony organ. Punktem odniesienia mogą być tytuły postaci „Uchwała nr XLVIII/713/2006 Rady Miejskiej Kalisza z dnia 29 czerwca 2006 r.”. Przykład ten zacytowałem z oficjalnego tekstu uchwały dostępnego w internecie, zmieniłem tylko duże Nr na małe nr, gdyż nie chodzi mi tu o wierność bibliograficzną, lecz o poprawną ortografię (dlaczego zaś nr, a nie Nr, uzasadniałem w jednej w poprzednich dzisiejszych odpowiedzi). Powołując się na tę lub inną uchwałę, możemy zatem napisać: „Sposób tworzenia i nadzorowania kopii nadzorowanych określa Uchwała nr…”.
Jeżeli jednak procedura, na którą się Pan powołuje, nie została przez nikogo zatwierdzona pod taką właśnie nazwą albo jeśli nie jest Pan pewien, czy jej nazwa brzmi w taki sposób, bezpieczniej będzie użyć małej litery.