Niwelować ma dwa znaczenia: konkretne, które dotyczy wyrównywania terenu, i abstrakcyjne, dotyczące usuwania niepożądanych różnic między jakimiś zjawiskami bądź negatywnych zjawisk. Często mówi się np. o niwelowaniu nierówności, negatywnych skutków czegoś, a także strat. Połączenia czasownika niwelować z rzeczownikami problem i brak nie należą do najczęstszych, ale nie są też okazjonalne. Oto dwa przykłady z prasy (za Narodowym Korpusem Języka Polskiego): „Terapia dąży do niwelowania problemów i daje znakomite efekty”, „Wrocławianie […] górowali nad przeciwnikami umiejętnościami, ale miejscowi braki w wyszkoleniu niwelowali wielkim zaangażowaniem w grę”. Osobiście zredagowałbym te zdania inaczej, w pierwszym sięgając po słowo usuwać lub eliminować, w drugim – po nadrabiać, ale to kwestia stylu, a Pani pyta o poprawność znaczeniową. Otóż myślę, że niwelowanie problemów i braków mieści się w zakresie użyć czasownika niwelować i nie narusza jego znaczenia. Inna sprawa, że jest to znaczenie dość szerokie i w wielu kontekstach zrobimy lepiej, sięgając po słowo bardziej precyzyjne.