Oba przymiotniki występują w polszczyźnie i oba są poprawne. Zostały utworzone od różnych podstaw i mają nieco odmienny zakres znaczeniowy, co powoduje, że nie zawsze mogą być używane wymiennie, por.

• kajakowy (pochodny od rzecz. kajak): ‘dotyczący kajaka, odnoszący się do kajaka – łodzi’, np. przystań kajakowa, spływ kajakowy, sport kajakowy, tor kajakowy, wyścigi kajakowe;
• kajakarski (pochodny od rzecz. kajakarstwo lub kajakarz): ‘dotyczący kajakarstwa – sportu lub turystyki uprawianej na kajakach; odnoszący się do kajakarza’, np. mistrzostwa kajakarskie, sprzęt kajakarski, tor kajakarski, zawody kajakarskie.