Korpus Języka Polskiego PWN wykazuje przewagę patogena nad formą patogenu, ale ponieważ przykłady pochodzą z niewielu źródeł, nie można ich uznać za wiarygodne. Dużo większe zasoby Internetu, dostępne np. przez wyszukiwarkę Google, pokazują dziesięciokrotną przewagę formy z końcówką -u nad formą z końcówką -a. Ponieważ zaś ta pierwsza jest jednoznaczna (może być tylko dopełniaczem), a druga synkretyczna (może być dopełniaczem lub biernikiem), przewaga pierwszej nad drugą nie budzi wątpliwości.
To wszystko nie znaczy, że formę patogena uważam za niedopuszczalną. Po pierwsze, jeśli rzeczywiście oznacza coś żywego, to ma semantyczną motywację. Po drugie, jak wnoszę z Pani listu, przemawia za nią zwyczaj przynajmniej części specjalistów, którzy tego słowa używają. Po trzecie, zakres synkretyzmu dopełniaczowo-biernikowego wśród polskich rzeczowników męskich od kilkuset lat się rozszerza i dawno już objął rzeczowniki nie oznaczające istot żywych, por. „Zjedz dropsa (hamburgera, hot-doga, loda…)”.
Za formą patogenu przemawia formalne podobieństwo do formy genu. I – jak widać – jest to analogia dość silna, by dać jej pierwszeństwo.
Reasumując, jestem za formą patogenu, formę patogena gotów byłbym jednak akceptować jako rzadszy (a może środowiskowy?) wariant.