Moim zdaniem poprawne jest z jakiego systemu korzystasz :-) O programie mówimy, że działa pod jakimś konkretnym systemem, więc pracować pod systemem mnie nie razi, ale brzmi potocznie. Mówimy w systemie przede wszystkim wtedy, gdy opisujemy jakieś jego własności. Nie potępiam pracować w systemie jako błędu, ale wydaje mi się, że lepiej tego unikać.