Sądzę, że problem wynika z nie zawsze jasnego statusu tych wyrażeń. Chodzi o to, że mogą one być tytułami tekstów lub nazwami własnymi jakichś przedsięwzięć (programów, projektów itd.). W pierwszym wypadku tylko pierwszy wyraz powinien być pisany wielką literą, w drugim wielkimi literami zapisujemy wszystkie wyrazy. Problem w tym, że na ogół nazwa programu jest zarazem tytułem dokumentu, w którym została opisana.
W przypadku programów, unijnych i państwowych zwyczaj pisania od wielkich liter jest bardzo mocno mocno utrwalony, piszmy więc np. Narodowy Program Zdrowia, Narodowa Strategia Spójności.