Rodzaj gramatyczny skrótowców jest zgodny z rodzajem członu głównego ich pełnej nazwy (tę zasadę zaleca się w tekstach oficjalnych) bądź wynika z ich budowy, np. skrótowce zakończone literą spółgłoskową mają rodzaj męski. Gdyby wymienione w pytaniu skrótowce ograniczyć do postaci PKN i PKO, to pierwszy miałby rodzaj męski z punktu widzenia obu kryteriów (rozwinięta nazwa to Polski Koncern Naftowy, z członem głównym rodzaju męskiego, a skrótowiec kończy się literą spółgłoskową), drugi zaś – żeński (Powszechna Kasa Oszczędności) bądź nijaki (końcowe O jest właściwe rzeczownikom rodzaju nijakiego).
Wydawnictwa normatywne nie wyjaśniają, jak postępować, gdy w pełnej nazwie są dwa rzeczowniki w mianowniku lub więcej, a tak właśnie jest w wymienionych przez Pana przykładach (pierwsza nazwa obejmuje rzeczowniki Koncern, ORLEN i Spółka, a druga Kasa, Bank i Spółka). Można by – kierując się analogią do nazw typu makaron rurki – jako nadrzędny, a więc wpływający na rodzaj całej nazwy, traktować tylko jej pierwszy człon rzeczownikowy, por. „Makaron rurki smakował nam”. Idąc tym tropem, człony ORLEN, Bank i Spółka w wymienionych przez Pana nazwa należałoby zignorować. Okazuje się jednak, że zwyczaj językowy jest bardziej zróżnicowany i konstrukcje typu „PKO BP przejął / rozpoczął / wydał…” nie są wcale rzadkie.
Skoro tak, to nasuwa się wniosek, że nazwy PKN ORLEN SA i PKO BP SA mogłyby mieć rodzaj żeński, zgodny z rodzajem ich ostatniego składnika rzeczownikowego. Drugi przykład jest niestety niediagnostyczny, gdyż rodzaju żeńskiego jest zarówno Kasa, jak i Spółka, trudno powiedzieć więc, czym się kierują osoby mówiące np. „PKO BP SA oznajmiła…”. Natomiast pierwszy przykład, czyli PKN ORLEN SA, jest ciekawszy, gdyż jego ewentualny rodzaj żeński może pochodzić tylko od ostatniego rzeczownika.
Sprawdziłem, jak rzecz wygląda z perspektywy Narodowego Korpusu Języka Polskiego: ciągów postaci „PKO BP oświadczył…” (z dowolną formą czasu przeszłego w rodzaju męskim na ostatnim miejscu) znalazłem kilkadziesiąt, ciągów „PKO BP oświadczyła…” – ponad sto, ciągów „PKO BP oświadczyło…” – też ponad sto. Gorzej z ciągami wydłużonymi o człon SA: „PKP BP SA oświadczył / oświadczyła / oświadczyło…” – po kilka przykładów na każdy z rodzajów, „PKN ORLEN SA…” – tylko jeden przykład, z czasownikiem w rodzaju męskim. Obserwacje te nie prowadzą do wyraźnych konkluzji: z jednej strony nie wykluczają, że skrótowiec może mieć rodzaj zgodny z drugim lub nawet trzecim rzeczownikiem w mianowniku wchodzącym w skład jego pełnej nazwy, z drugiej są zbyt skromne, aby pokazać, która tendencja przeważa. Trzeba by się przyjrzeć, jak zachowują się inne skrótowce w analogicznych konstrukcjach, co może uważni badacze polszczyzny zrobią i co może później znajdzie wyraz w wydawnictwach poprawnościowych.
Na razie widać, że NKJP daje potężne narzędzia do takich badań.