Obie formy – odmienioną i nie odmienioną – można uzasadnić i obu można używać. W formie odmienionej, tzn. w ELS-ie lub w Elsie, skrótowiec ten jest lepiej zintegrowany z systemem gramatycznym polszczyzny, łatwiej się więc nim posługiwać. W pisowni w ELSA łatwiej go natomiast rozpoznać. Jeśli więc nie zachodzi obawa nieporozumienia, można używać formy odmienionej – przede wszystkim w języku mówionym, a potem, w miarę upowszechniania nazwy, także w pisanym. Gdy natomiast większe znaczenie ma zakomunikowanie odbiorcom oryginalnej postaci skrótu (ściślej: skrótowca), wówczas należy sięgnąć po formę w ELSA.
Tyle o odmianie, trzeba jeszcze zwrócić uwagę na szczegóły ortograficzne. Analogicznie do form odmiany innych skrótowców rodzaju żeńskiego zakończonych literą A i nie akcentowanych na ostatniej sylabie, np. EFTA lub ANSA, formy odmiany skrótowca ELSA można zapisywać dwojako: ELS-y, ELS-ę, ELS-ą, ELS-o lub Elsy, Elsę, Elsą, Elso. Nawet w celowniku i miejscowniku mamy do wyboru dwie formy, ELS-ie i Elsie, ponieważ nie zachodzi tu wymiana literowa taka jak w wypadku skrótowców EFTA czy UNRRA. Nie widzę natomiast powodu, aby skróconą nazwę ELS-y (Elsy) zapisywać małą literą (jak w pytaniu).
Na zakończenie można przypomnieć przykład firmy IKEA, która nie chce odmieniać swojej nazwy, mimo że ta dobrze poddaje się odmianie i w formie odmienionej jest używana w polszczyźnie, np, IKE-ą, IKE-i. Troska o rozpoznawalność marki lub nazwy towarowej może skłonić do jej nieodmieniania, a więc do hamowania jej adaptacji w języku. Poniekąd słusznie, gdyż nazwy dobrze zasymilowane niekiedy w świadomości odbiorców tracą zupełnie związek z ich producentem (por. casus walkmana). Właścicieli firmy mogłoby to napawać dumą, ale częściej napawa troską.