W sprawach pisowni respektować trzeba przede wszystkim zalecenia słowników ortograficznych. Pisownia wodno-kanalizacyjny wynika z ogólnej reguły, która każe tak łączyć w zapisie składniki współrzędne. Mówiąc krótko: wodno-kanalizacyjny to i wodny, i kanalizacyjny, zaś przymiotnik wodnokanalizacyjny musiałby oznaczać połączenie niewspółrzędne (co musielibyśmy tłumaczyć jakoś tak: wodny, który ma związek z kanalizacją, albo kanalizacyjny, który jest wodny – co oczywiście jest absurdalne).
W praktyce językowej pojawia się niekiedy zapis wodnokanalizacyjny, a autorzy wspomnianego słownika języka polskiego prawdopodobnie oparli na niej zapis. Moim zdaniem wyraz ten należy zapisywać tylko z łącznikiem. Dodatkowym argumentem jest to, że pokrewny znaczeniowo przymiotnik wodociągowo-kanalizacyjny jest – i słusznie – zapisywany zawsze z łącznikiem.
Przyjętym skrótem obu wyrazów jest wod.-kan. – z kropkami.