Pierwsze zdanie jest eliptyczne i przez to raczej potoczne. W potocznej polszczyźnie mniejszą wagę przywiązujemy do interpunkcji, niemniej jednak jeśli zapis ma być poprawny, to przecinek po Co jest potrzebny – tak jak byłby potrzebny w zdaniu nieeliptycznym, np. „Co zrobimy, jeśli będzie gorzej?”. Proszę zauważyć, że spójnik rozdziela tu zdania składowe, a nie inne całostki składowe.
Inaczej jest w drugim przykładzie, gdzie spójnikiem połączono nie zdania, ale formę przysłówka ze zdaniem („więcej niż planowano”). Autorzy Kieszonkowego słowniczka interpunkcyjnego PWN (Jerzy Podracki i Alina Gałązka) podobny przykład opatrują komentarzem: „w zdaniu pojedynczym zwykle nie stawia się przecinka przed członem porównywanym”. Użycie słowa zwykle wydaje mi się tu bardzo trafne – nie wszystko w interpunkcji polskiej jest wyraźnie określone, więc warto pozostawić pewien margines swobody.