Moim zdaniem narzucanie jednej formy zapisu tej nazwy w czasach, gdy spontaniczne publikowanie ma charakter powszechny, jest z góry skazane na niepowodzenie. Zdając sobie z tego sprawę, w poradzie na ten temat zaproponowałem trzy zapisy jako najlepsze z możliwych, bo – jak pamiętam – w tekstach internetowych znalazłem kilkanaście różnych form pisanych tej nazwy. A skoro liczba wariantów jest tak duża, lepiej jakoś rozsądnie ukierunkować zwyczaj ortograficzny, niż narzucać jedną formę bez szans powodzenia.
Więcej powiem: problem ten istnieje i szybko nie zostanie rozwiązany. Orzeczenie KSNG (Komisji Standaryzacji Nazw Geograficznych poza Granicami Rzeczypospolitej Polskiej) jest raczej martwe, bo w publikacjach przeważają zapisy Medjugorje, Medjugorie (ostatnią podaje Wielki słownik ortograficzny PWN).
Zakończenie -rje nie powinno stanowić problemu, bo chodzi o nazwę obcą, zapisaną zresztą alfabetem łacińskim (w wariancie chorwackim). Nie widzę konieczności zamieniania go na -rie.