Są to synonimy, ale nie w każdym kontekście wymienne. Na przykład mówimy, że ktoś ma w zwyczaju coś robić, nie w obyczaju, a z drugiej strony mówimy o kobiecie lekkich obyczajów, a nie lekkich zwyczajów. Systematyczne porównanie można przeprowadzić na podstawie dużego słownika (sam zaglądałem przed chwilą do Innego słownika języka polskiego). Można też porównać kolokacje obu wyrazów w Słowniku dobrego stylu albo w internecie, za pomocą wyszukiwarki PELCRA operującej na Narodowym Korpusie Języka Polskiego (www.nkjp.pl).